После победы над своим заклятым врагом Шреддером, Черепашки начали отдаляться друг от друга. За сохранение некогда дружной семьи борется только их учитель Сплинтер, подмечающий происходящие в Нью-Йорке странности. Техно-индустриалист Макс Уинтерс потерял рассудок из-за своего несправедливого увольнения и начинает собирать армию древних монстров, чтобы не только отмстить бывшему работодателю, но и установить мировое господство.